RNA-seq 数据量化rnace q数据量化是指来自测序数据medium计算rnace q的各基因的表达量。水稻转录组测序需要多少数据根据你的测序需要，如果只检测表达，可以用单端短序列测序，一般10M以上的阅读量就能满足要求，如果需要检测SNP、可变剪接、新基因，就需要使用更长片段的双端测序，一般在2x100或2x125以上，数据的量大约在23G以上，当然越多越好。
gwas(基因组多样性关联研究)是对遗传多样性丰富的自然群体中的每个个体进行基因组测序，结合目标性状的表型数据，基于一定的统计方法进行全基因组关联研究，从而快速获得影响目标性状表型变异的染色体片段或基因位点。当然，GWAS可以应用于人类的表型分析。暂时先说动物和植物。GWAS已经公布了许多物种，如玉米、水稻、拟南芥、大豆、毛白杨、番茄、果蝇、白虎疟原虫等。
1977年，英国化学家FrederickSanger发明了双脱氧链终止法。这项技术和W.Gilbert发明的化学降解法被称为第一代测序技术。Sanger方法测序使用DNA聚合酶来延伸与未确定序列的模板结合的引物。直到掺入链终止核苷酸。每个测序由一组四个独立的反应组成，每个反应包含所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并与有限量的不同双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)混合。
终点取决于反应中相应的双脱氧。每个dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调节，从而可以得到一组几百到几千个碱基的链终止产物。它们有相同的起点，但终止于不同的核苷酸。用高分辨率变性凝胶电泳可分离出大小不同的片段，经凝胶处理后，用x光胶片放射自显影或非同位素标记法检测。
3、 测序相关知识总结紫外交联仪是一种多功能的紫外辐射系统，主要用于将DNA或RNA交联到尼龙膜和硝酸纤维素膜上。交联过程只需要25-50秒。传统的方法是在80℃的真空烘箱中烘烤薄膜2小时。与真空烘箱烘烤相比，紫外线照射可以显著增加杂交信号。紫外交联仪可用于膜交联如Northern、Southernblotting和EMSA，双分子交联如CLIPseq、iCLIPseq、PARCLIPseq、pBpa、sulfoSDA和补骨脂素，微生物灭活(如细菌、真菌和病毒)，光稳定性验证，琼脂凝胶中的DNA切割，RecA突变筛选，胸腺二聚体产生的部分限制性内切酶消化，紫外灭菌消除PCR污染。
4、RNA-seq 数据量化RNAseq数据Quantization是指来自RNA seq的测序-2计算的各基因的表达量。RNAseq 数据的传统分析思路分为两步。第一步，将RNAseq方法得到的测序 数据与参考基因组序列(tophat2、bowtie2、HISAT等软件)进行比对；第二步，从比对结果中计算的表达式，了解每个基因(袖扣、HTseqcount等软件)的读取次数。
5、基因组 测序的 测序深度一般是多少现在健康人的全基因组测序一般是30X，肿瘤样本可能更高，达到70100X。健康人的全外显子测序一般为100X，肿瘤样本一般为160X200X。人类的基因组大约是3G，所以一个30X的基因组测序一般产生90g数据；但常用的总外显子组一般是60M。考虑到探针的捕获效率通常为50%，100倍总外显子产生12G 数据，其中一半是靶区外的“垃圾”数据。
6、水稻转录组 测序需要多少 数据根据你测序的需求，如果只检测表达，可以使用单端短序列测序，一般10M以上的读取即可满足要求。如果要检测SNP、可变剪接和新基因，需要使用片段更长的双端片段测序。
