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加强自动化学科的理论基础,组建控制理论教研组;1999年,自动化系为配合学校进行的体制改革,将原来的8个教研组调整为6个研究所。根据清华大学 自动化系官网2020年8月自动化系设置本科专业。有一个一级学科和七个二级学科,均有硕士和博士学位授予权;现有教师89人,其中教授、研究员40人,副教授、研究员40人,助理教授、研究员9人。
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具有“控制与管理相结合、强电与弱电并重、软硬件并举”的鲜明特色,是一门理、工、文、管跨学科的大口径工程课程。自动化 专业以自动控制理论为基础,以电子技术、电力电子技术、传感器技术、计算机技术、网络和通信技术为主要工具,面向工业生产过程和各行业、各部门的自动控制,主要学科有控制科学与工程、电气工程、计算机科学与技术等。