namd，namd 怎样从轨迹文件里输出速度

本文目录一览

1，namd 怎样从轨迹文件里输出速度
2，have a year namd after them怎么翻译
3，NAMD软件适合在个人笔记本电脑安装使用吗
4，如何在ubuntu上安装namd
5，怎么用namd分析两种分子的作用力
6，尤尼克斯高端拍如isometricnamd之类的科技是噱头吗
7，如何在ubuntu上安装namd
8，namd是什么意思
9，NAMD是什么品牌手机
10，namd分子模拟中只限制分子的键长键角而不固定坐标吗

1，namd 怎样从轨迹文件里输出速度

这是 fluent 界面程序出错了,比如在 fluent 要更新窗口内容时，显示窗口已经被关闭了，导致访问出错,有时操作显示窗口时也会出现这个错误.

任务占坑

namd 怎样从轨迹文件里输出速度

2，have a year namd after them怎么翻译

你好，很高兴为你解答:在他们之后过一年词汇namd海军军官学校学员处; 海军飞机保养部门(Naval Aircraft Maintenance Department); 海军弹药库them他们; 她们; 它们; 指性别不详的人时，用以代替him或her

have a year namd after them怎么翻译

3，NAMD软件适合在个人笔记本电脑安装使用吗

可以打开腾讯电脑管家-工具箱-软件管理-在软件管理中搜索名称就可以看到下载资源，根据需要进行操作即可。

长时间使用的话对硬盘不好还有笔记本散热不好的话对部件也存在损坏

NAMD软件适合在个人笔记本电脑安装使用吗

4，如何在ubuntu上安装namd

是的，要先解压。终端输入：sudo tar -zxvf 压缩文件名.tar.gz /tmp（假设想解压到/tmp目录），然后cd 解压后的目录名进入解压后的目录，ls查看其中有没有INSTALL文件，按照上面的说明安装即可。一般步骤是：sudo ./configure、make、make install

5，怎么用namd分析两种分子的作用力

怎么用namd分析两种分子的作用力会变的，一般来说物体都会受到温度的影响而影响物体本身分子的运动或者影响物体的密度，都会影响作用力。温度越高，分子运动越激烈，分子间碰撞也厉害，离得近作用力就大，离得远就小；当然一个物体改变密度的时候也一样，密度小，分子之间离得远，作用力也小，反之亦然！

6，尤尼克斯高端拍如isometricnamd之类的科技是噱头吗

尤尼克斯高端拍如isometric,namd之类的科技是噱头。尤尼克斯羽毛球拍（YONEX）是世界最出名的羽拍，也是每一个羽毛球爱好者都想拥有的羽拍，为了统治羽拍市场，也为了尽量满足不同使用需求，尤尼克斯研发了大量的型号，让人眼花缭乱。作为世界知名的羽拍专业制造商。尤尼克斯完全体现日本工艺的精益求精，羽拍牢牢占据世界第一的地位，同时网球拍也得到许多知名球星的喜爱。采用创新的方形拍头，使拍面中的相等长度的纵弦根数比传统拍形增加3—5倍，从而使拍子的击球甜区（sweet point)即最佳击球区增大32%，让选手更易于击出高质量的回球。拍框截面有AR形、VF形的多种变化。从羽拍发展趋势上看，ISO拍形已经用于ISO、Ti系列羽拍，将会成为今后羽拍的标准拍形。

7，如何在ubuntu上安装namd

8，namd是什么意思

在动力学模拟分析中,很基本的一项分析就是RMSD值的求算。RMSD值即均方根偏差（Root Mean Square Deviation）。在统计学上，这个量就相当于标准差,反映的是数据偏离平均值的程度。在蛋白质结构解析，模建，结构联配(structure alignment）以及分子动力学模拟中，RMSD值是非常常用的一项参数,用于衡量原子偏离比对位置的程度。在本例中，RMSD值反映的是泛素各个部分原子偏离平均位置的程度，也就是各原子运动幅度的大小。RMSD值越大，说明该原子的运动的空间范围越大,原子的空间位阻也就越小。原子α在某一段时间Nt内的RMSD值求算公式为:Nt是时间段，以步长为单位。VMD提供了很多分析工具。其中一个工具NAMD Plot 插件可以用于处理输出文件，然后由进行作图。我们下面就用这一工具分析动力学模拟过程中整个蛋白的RMSD值的变化。这个值是各原子RMSD值的总和。计算时，我们需要使用动力学模拟过程输出的轨迹文件:ubq_ws_eq。dcd 首先，让我们简单看一看NAMD plot是怎样作图的.1、运行VMD主程序。2、在VMD主窗口选择菜单项Extensions→Analysis→NAMD Plot。3、在 NAMD Plot窗口选择File→Select NAMD Log File,在弹出的文件浏览窗口中找到namd-tutorial/1—2-sphere/bq_ws_eq。log，打开这个文件.4、在NAMD plot 窗口中显示出很多热力学参量（图）。其中TS代表Time Step,BOND代表键能等等.这些变量都可以用于作图。例如：点击选择参数TEMP，然后选择 File → Plot Selected Data。这样我们就得到了随着时间变化温度的变化关系。

9，NAMD是什么品牌手机

NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹 1 NAMD官方网站 http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 2 NAMD介绍 http://www.mdbbs.org/thread-10236-1-1.html 3 NAMD中文论坛

10，namd分子模拟中只限制分子的键长键角而不固定坐标吗

我也是分子模拟小白，题主给的信息我分析不出太多。题主是用ambertools生成的crd和top文件在namd下模拟，还是只用在charmm力场文件格式下的amber力场参数文件？对配体进行怎样的限制？是固定位置，在模拟过程中不动的话，参考楼上的建议就可以了。但如果是把配体限制在一定范围内，需要看下Harmonic restraint parameters的设置，或者用tclforce也可以，但个人感觉都不是很方便，在这方面，Gromacs的操作要比NAMD方便很多。

虽然我很聪明，但这么说真的难到我了